而有机肥主要提供植物所需的营养元素，改善土壤结构和保持土壤湿润度。如果土壤微生物群落较差、植物抗病能力较弱，可以考虑使用菌肥进行改良。
菌肥与有机肥是两种常见的肥料，它们在功能、来源、使用方式等方面存在一些差异。以下是菌肥与有机肥的比较与选择的一些要点供参考：
1. 功能：菌肥主要通过含有益生菌的活菌群来改良土壤微生物群落，促进植物营养吸收，增强植物的抗病能力。而有机肥主要提供植物所需的营养元素，改善土壤结构和保持土壤湿润度。
2. 来源：菌肥主要通过培养和提取益生菌得到，一般以菌种为基础，经过发酵、分离、培养等工艺加工而成。有机肥则通过生物、动物、植物等天然有机物质的分解、腐熟形成。
3. 使用方式：菌肥一般以液体或粉末状的形式使用，可以通过喷施、浸泡、根际施用等方式施肥。而有机肥一般以固体有机肥料或有机肥料堆肥的形式使用，可以通过直接覆盖、混合土壤、制成有机肥料水等方式施肥。
因此，在选择合适的肥料时需要根据具体的情况综合考虑。如果土壤微生物群落较差、植物抗病能力较弱，可以考虑使用菌肥进行改良。如果土壤质量较差、需提供植物所需的营养元素，可以考虑使用有机肥进行改良。在实际应用中，可以根据具体的作物种类、土壤状况、种植管理等因素进行选择，也可以根据需要考虑两者的综合使用。